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La URV de Tarragona desarrolla una herramienta para analizar y clasificar estructuras de proteínas
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Por qué confiar en El Periódico Un equipo del Grupo de Investigación en Quimioinformática y Nutrición de la Universitat Rovira i Virgili (URV) de Tarragona ha desarrollado PDB-CAT, una nueva herramienta informática que permite analizar, clasificar y extraer información clave de las estructuras tridimensionales de proteínas depositadas en el Protein Data Bank (PDB), base de datos de referencia de la comunidad investigadora.
Desde su creación, el volumen de datos del PDB ha crecido de manera rápida y actualmente cuenta con cerca de 250.000 estructuras y sigue aumentando con miles de entradas nuevas cada año, informa este martes la URV en un comunicado.
Los investigadores han asegurado que en muchos casos una misma proteína "puede tener decenas o centenares de estructuras disponibles" en el PDB, y que cuando se quieren usar en proyectos de diseño computacional de fármacos hay que analizar cuáles existen, en qué se diferencian y cuáles son las adecuadas y hacerlo manualmente es lento.
La herramienta de la universidad tarraconense permite detectar de manera automática si una estructura contiene un ligando unido a la proteína, determinar si esta unión es covalente o no covalente e identificar posibles mutaciones en la secuencia de la proteína mediante la comparación con una secuencia de referencia proporcionada por los usuarios.
La URV ha asegurado que una de las fortalezas de PDB-CAT, software libre y de código abierto, es su eficiencia porque permite ejecutarlo simultáneamente en varios procesadores de un mismo ordenador y reducir de manera significativa el tiempo de análisis de grandes conjuntos de estructuras.
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